Không còn cách nào khác, mẹ đành đưa Totto-chan đến một ngôi trường mới, trường Tomoe. Đấy là một ngôi trường kỳ lạ, lớp học thì ở trong toa xe điện cũ, học sinh thì được thoả thích thay đổi chỗ ngồi mỗi ngày, muốn học môn nào trước cũng được, chẳng những thế, khi đã học hết bài, các bạn còn được cô giáo cho đi dạo. Đặc biệt hơn ở đó còn có một thầy hiệu trưởng có thể chăm chú lắng nghe Totto-chan kể chuyện suốt bốn tiếng đồng hồ! Chính nhờ ngôi trường đó, một Totto-chan hiếu động, cá biệt đã thu nhận được những điều vô cùng quý giá để lớn lên thành một con người hoàn thiện, mạnh mẽ.